В советское время богослужений здесь не было, но церковь чудом уцелела от разрушения, а потому здесь сохранилось немало дореволюционной утвари и элементов храмового интерьера: первозданный иконостас работы Флегонта Королева, клеёные гобелены на библейские темы, кованые оконные решетки, вмурованные во время возведения кирпичных стен, литые ступени крыльца.
Фактически церковь не действовала с 1937 года, а со времени ареста священнослужителей в мае 1941 года была закрыта официально. В 1940–1950-е гг. здесь размещались военный и аптечный склады. По воспоминаниям старожилов, на 20 лет каждая икона церковного иконостаса была бережно закрыта фанерами и досками по распоряжению начальника склада, благодаря чему иконостас уберегли от поругания.
В марте 1957 года советская власть вернула Покровскую церковь верующим как «слабую компенсацию» за взорванный Троице- Смоленский собор. Первым священником после перерыва был отец Валентин Варфоломеев. В1960-е гг. здесь служили исповедники веры Христовой, столпы уфимского Православия – архимандриты Таврион (Батозский) и Иосиф (Чернышев). Именно отцом Таврионом были поновлены после открытия, а фактически написаны заново большие клеёные полотна-иконы на евангельские темы во втором уровне храмовой части. Украшением церкви стала большая икона «Спас Нерукотворный», писаная выдающимся уфимским иконописцем и художником А.П. Лежневым (1888–1956).