История обретения иконы и основания монастыря такова. В июне 1579 года в Казани был большой пожар. Огонь поглотил целый район, примыкавший к Кремлю с северо-востока. Сгорел двор стрелецкого сотника Данилы Онучина (церковное предание говорит о нем как о стрельце, хотя Онучины – нижегородские дворяне, переселившиеся в Казань в 60-е годы XVI в.). Двенадцатилетней девочке Матроне, дочери сотника Онучина, трижды являлась во сне Пресвятая Богородица, повелевая идти на городское пепелище и обрести Ее образ. Девочка рассказала матери, а та сообщила о видении архиепископу Казанскому Иеремии, воеводе Богдану Сабурову, дьякам Михаилу Битяговскому и Василию Шулепину.
К несчастью, никто не поверил сказанному. Возвратившись домой, Матрона и её мать не отчаялись – напротив, решили действовать: начали рыть землю в указанном девочкой месте и обнаружили икону Богородицы. Вскоре после обретения, по повелению Казанского архиепископа, икона при большом стечении народа была перенесена в ближайший храм – церковь Николы Тульского. В обретении иконы принимал участие священник казанской Николо-Гостинодворской церкви Ермолай, позже – Казанский митрополит, а затем Всероссийский патриарх и священномученик Гермоген, канонизированный Русской Церковью в 1913 году. Он и написал, в бытность Казанским митрополитом, сказание об обретении иконы и чудотворениях от нее.
В 1595 году было установлено особое празднование Казанской иконе Божией Матери (8 (21) июля, в честь обретения образа). В 1611 году митрополит Казанский Ефрем, которого призвал на борьбу с поляками заточенный в тюрьму патриарх Гермоген, направил вместе с собранным в городе отрядом в ополчение Минина и Пожарского список с Казанской иконы Божией Матери. Перед битвой за Москву русское ополчение усиленно молилось перед чудотворной иконой. В освобождении стольного града наши предки увидели заступление Пресвятой Богородицы «ради Казанской иконы Ея». В память об этом событии было установлено второе всероссийское празднование Казанской иконе – 22 октября (4 ноября).
Список, бывший в ополчении, поместили в специально построенный на Красной площади Казанский собор. Другой чудотворный список находился в Казанском соборе Санкт-Петербурга. До революции Казань, Москва и Петербург оспаривали право считаться обладателями настоящей чудотворной иконы. В 1904 году Россию потрясло известие о краже в ночь на 29 июня чудотворной иконы из Казанского Богородицкого монастыря. Похитители вскоре были арестованы, но икону найти не удалось. Версия о том, что святыня сожжена или продана похитителями старообрядцам, не нашла подтверждения. Следствие не дало ответа ни на один из волновавших верующих вопрос. Однако похищение иконы не остановило потока паломников к месту ее обретения.
В 1910-1913 гг. в подземелье собора, непосредственно на месте обретения иконы, был выстроен подземный храм. Более того, в Казани распространилось предание о том, что в действительности похищен был только чудотворный список, а настоящая древняя икона сокрыта и сохранена старой игуменией. Многие утверждают, что ныне эта сохраненная древняя Казанская икона Божией Матери находится в церкви Ярославских чудотворцев. Царским указом в 1579 году на месте явления чудотворной иконы был основан Богородицкий женский монастырь. Одной из первых насельниц монастыря, а по преданию и первой настоятельницей, стала обретшая икону девочка Матрона (инокиня Марфа).
Казанско-Богородицкий монастырь занимал площадь, ограниченную нынешними улицами Большой Красной, Япеева, Нагорной и уже не существующим переулком у Пятницкой церкви. Все строения монастыря изначально были деревянными, но уже в 1594 году был возведен первый каменный храм в часть явления Казанской иконы Божией Матери. В 1796 году на месте обретения был заложен новый храм. Строительство велось по проекту известного зодчего Ивана Старова, завершилось оно в 1807 году. Собор Казанской иконы Божией Матери
Монастырь представлял собой обширный архитектурный комплекс разновременных построек, значительная часть которых, к сожалению, была разрушена в советское время. Снесен главный монастырский собор, построенный на месте обретения иконы, а также утрачена шестиярусная колокольня XVII века высотой 55 метров. XIX век стал для монастыря благодатной эпохой торжества веры: на огромной территории под стенами Казанского кремля раскинулся один из самых крупных монастырей России. В монастыре было 600 сестер, работали больница, гостиница и сиротский приют.
Удивителен факт, что несмотря на близость к Кремлю, монастырь был жив молитвой и после революции. По переписи населения 1922 года, здесь числилось две сотни послушниц. Лишь к 1930-му году обитель покинули последние монахини. В советские годы на территории монастыря располагались: киностудия, склады и табачная фабрика. На сегодняшний день из обширного комплекса монастыря сохранился двухэтажный корпус с Крестовоздвиженской церковью, построенный в 1882-1887 годах, и Софийская надвратная церковь, которая с 1993 года передана Казанской епархии.
В глубине квартала расположены двухэтажные Настоятельский и Никольский корпуса, полукругом охватывающие то место, где раньше стоял собор. Они построены в 1810-1843 гг. по проекту архитектора Я.М. Шелковникова. На улицу Нагорную выходит сильно перестроенная церковь Николы Тульского, возведенная в 1810-1816 гг. на месте приходского храма, в котором первоначально находилась обретенная икона.