Первые посетители Горячих вод жили в Константиногорской крепости и посещали домовую гарнизонную церковь, которая занимала часть казармы. С 1813 года богослужения на Горячих водах совершались в летней палаточной церкви, переданной из упраздненного российского консульства в Персии.
Весной 1825 года по распоряжению генерала А.П. Ермолова архитектор Кавказских минеральных вод Джузеппе Бернардацци сделал два проекта приходской церкви для Горячих вод, один из которых был утвержден 16 апреля 1825 года. Место для храма было выбрано на большом пустыре в горячеводской долине.
После отъезда отца Товии в Санкт-Петербург в августе 1828 года местные жители в память о нем безымянный целебный источник в новом Емануелевском саду назвали Товиевским.
Скорбященская церковь была ровесницей города, частью его истории, однако к столетию ее строительства, в 1927 году, богослужения там прекратились. Как сообщают местные краеведы, «редкие кадры фильма ‘‘Княжна Мэри’’, снятого грузинской киностудией летом 1926 года, запечатлели облик Скорбященского храма перед его закрытием». Небольшое здание было перестроено под переплетную фабрику.
В военные годы часть церкви разобрали на дрова. После освобождения Пятигорска городской совет передал здание храма для организации в нем детской библиотеки. Однако строение было уже разрушено до такой степени, что не подлежало восстановлению. Весной 1944 года здание Скорбященской церкви перестало существовать. В 1972 г. на ее месте был разбит сквер у Питьевой галереи.