В конце 1919 года при отступлении Белой армии из Омска остался с вверенной ему Богом паствой и был сразу же арестован большевиками. В течение двух месяцев подвергался истязаниям в ЧК, где от него безрезультатно требовали «покаяния». Убит 26 февраля 1920 года. До начала XXI века о месте его захоронения было неизвестно. Прославлен в Соборе новомучеников и исповедников на Юбилейном Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви в 2000 году. После начала строительства Успенского собора были обретены мощи священноисповедника, а также фрагменты домового храма или молельной комнаты в крипте собора. В настоящее время здесь устроен нижний храм кафедрального собора, освященный во имя Новомучеников и исповедников Церкви Русской. Интерьер нижнего храма выполнен в традициях катакомбных храмов первых христиан. Здесь же 25 февраля 2009 года для поклонения верующих была установлена рака с мощами священноисповедника Сильвестра.