Как бы то ни было, но именно здесь в IV веке развернулись трагические события, связанные с мученической гибелью монахов-старцев от рук варваров. Святая обитель – это башня, совмещавшая в себе место для богослужения и убежище при опасности. Именно в ней и приняли мученическую смерть 40 монахов, проживавших в то время в Раифе. Известно, что в IV веке произошло переселение из Ливийской пустыни в долину Нила языческих племен ноба. Однажды их небольшие отряды переправились через Суэцкий пролив и учинили разбой на Синайском побережье. Ноба почти одновременно напали на монахов Синайской горы и монахов Раифы, пытали их, требуя золота, а затем убили. Эти старцы умерли, прославляя Бога, и были причислены к лику святых.
И вот тринадцать веков спустя монашеский дух и традиции святых отцев, в Синае и Раифе избиенных, были возрождены и перенесены на землю казанскую. В середине XVII века в честь этих угодников Божиих был освящен первый деревянный храм незадолго до того обустроенной обители. Именно поэтому и сам монастырь стал именоваться Раифским. Основателем Раифского Богородицкого монастыря был иеромонах Филарет.
Вот как описывается его житийный путь: Родиной иеромонаха Филарета была Москва. По смерти своих родителей, следуя совету Евангельскому, он роздал все имение нищим и постригся в монашество в московском Чудовом монастыре. Любимый настоятелем и братиею, все смутное время до смерти патриарха Гермогена (12 января 1612 года) он прожил рядом со Святейшим и удостоился получить сан иеромонаха. Желая вести строгую иноческую жизнь в уединении, которое нарушали в Москве его знакомые и родственники, он оставил столицу и направил свой путь в низовые губернии по Волге. Пройдя многие монастыри и города, иеромонах Филарет прибыл в Казань, остановился здесь и поступил в число братии казанского Спасо-Преображенского монастыря, получившего свое начало еще в 1556 году по велению царя Иоанна Васильевича Грозного, а к началу XVII века считавшегося одним из лучших в городе. Славилась эта обитель своей древностью и обретением здесь мощей первых Казанских святителей Гурия и Варсонофия. Это было в 1613 году.
Вскоре его жизнь, строгая и благочестивая, обратила на себя внимание настоятеля и братии, стала делаться известной и в городе, привлекая к себе множество почитателей. Филарет, чтобы избегнуть мирских почестей и рассеяния, принял подвиг юродства. Днем он ходил по улицам и площадям, ночи проводил в молитве и бдении в своей келии. Истинно благочестивые люди, которые под покровом юродства сумели разгадать духовные дарования инока, еще теснее сблизились с ним. Особым почтением он пользовался в доме богатого казанского купца Сергия, с которым сблизился и проводил долгие часы в беседах о благочестии и вере. Дружба эта настолько окрепла, что Сергий выстроил в своем доме особую келью, где и происходило их духовное общение. Любя уединение и безмолвие, Филарет часто удалялся из монастыря в дремучие леса и урочища, находящиеся около Казани. В один из таких дней Филарет вышел за город и направил свой путь в сторону северо-запада, в места, еще ему не знакомые. Пробираясь в девственный лес, инок случайно вышел на берег неизвестного озера, тихо плещущего светло-зеленые воды свои у отлогих берегов. Прекрасное и величественное, но вместе с тем несколько мрачное место, довольно удаленное и защищенное от людей дремучим лесом, пленило инока. Он решил остаться здесь и построил себе небольшую хижину. Это произошло в том же 1613 году, и именно от этой даты ведет свое летоисчисление Раифская пустынь. Сначала келья отшельника стояла одиноко, и лишь только в определённые дни дикие черемисы приходили на берег озера для совершения обрядов языческого жертвоприношения.
Но вскоре это место стало известно казанским почитателям подвижника, которые стали его посещать. Некоторые из них решились вести отшельническую жизнь и поселились рядом с Филаретом. Первым из них стал Сергий, принявший при монашеском постриге имя Серапион. Он оставил мирские дела, принял монашество, а все свое богатое имущество отдал Седмиезерскому монастырю, где он прожил первое время после своего пострига, пока не присоединился к Филарету. Таким образом росло и крепло вокруг Филарета новое братство, жившее в аскетических деревянных хижинах на берегу прекрасного лесного озера. По предложению Филарета была построена часовня, куда под руководством своего наставника собирались для служения вечерни, утрени и часов. По преданию, дошедшему до нас из глубины веков, построение часовни было ознаменовано видимым знаком благоволения Божьего. Как-то раз один инок, выйдя из келии, взглянул на небо и увидел простертую из облака руку, благословляющую то место, на котором стоял скит. Обрадованный и удивленный таким необычным явлением отшельник поспешил рассказать о нем преподобному Филарету, который увидел в том доброе предзнаменование. После некоторым монахам, жившим на том пустынном месте, слышался какой-то необыкновенный колокольный звон, неоднократно повторявшийся с большей или меньшей выразительностью. Это было воспринято как знак предчувствия будущего процветания иноческой обители.
Так как в скиту не было еще церкви, а почтенный возраст брал свое, основатель обители преподобный Филарет, предчувствуя близкую кончину, возвратился в Казань в Спасо-Преображенский монастырь, где в скором времени умер и был погребен. Но брошенные им в благодатную почву семена истинной веры по прошествии нескольких лет дали обильные плоды. В 1661 году к митрополиту Казанскому Лаврентию из Раифской обители прибыл инок Фаддей с двумя старцами, которые от лица братства просили благословения на строительство церкви и назначение священнослужителя. Архиерей исполнил желание братии обители. Митрополит Казанский и Свияжский Лаврентий не только дал благословение, но и принял самое живое участие в деле устроения монастыря. Он посетил лично эти места, вручил старцам благословенную грамоту на построение церквей и прислал к ним в качестве настоятеля опытного иеромонаха Савватия. В 1662 г. начались строительные работы.
Многие годы обитель сохраняла себя и оборонялась от невзгод, но была почти разорена после революционных событий, так болезненно и почти непоправимо сказавшихся на многих храмах и монастырях Русской Православной Церкви. Новая история монастыря берет свое начало в июне 1990 года, когда архимандрит Всеволод (Захаров), на тот момент игумен, настоятель Петропавловской церкви города Зеленодольска, возвращался со священниками своего храма из Казанского епархиального управления. В этот день он решил осмотреть древнюю Раифскую обитель, находящуюся в четырех километрах от трассы Казань-Зеленодольск. Батюшка давно уже слышал об этом месте от своих прихожан, которые помнили её еще до упразднения. Их описания живописного места, в котором она находилась, и той особенной благодатной атмосферы Раифы, которую эти люди хранили в сердцах своих, побуждали его увидеть монастырь своими глазами.
Приближаясь к монастырю на машине по лесной аллее, за деревянными хозяйственными постройками священники вдруг увидели высокую стройную надвратную колокольню, устремившуюся в небо обезглавленным верхом. Ниже виднелись чёрные от ржавчины циферблаты башенных часов, обшарпанные полуразрушенные стены с обвалившимися зубцами и руинированные башни. Черным пятном возвышался над деревянным забором некогда белоснежный собор иконы Божией Матери «Грузинская». Но никакое запустение не могло коснуться былого величия и красоты монастырского ансамбля – даже разрушенный, он был прекрасен в окружении заповедного леса. Пройти внутрь оказалось непросто, поскольку на территории обители уже много лет располагалось специальное производственное техническое училище, и вход был только по спецпропускам. Священники обратились к охране с просьбой разрешить им осмотреть монастырь, и администрация СПТУ откликнулась на просьбу. Директор колонии провел их на территорию монастыря и показал весь монастырский комплекс. Внутри монастырь имел плачевный вид: осыпавшиеся стены, разрушенные кровли, купола без крестов. Однако былые красота и величие этой обители явно выступали из руин. Тем временем в беседе отца Всеволода с директором зашла речь о том, что хорошо было бы вновь открыть этот монастырь, и тот одобрительно отозвался об этой идее. С того времени игумен Всеволод стал хлопотать об открытии монастыря и срочно принялся собирать необходимые документы.
Так началось возрождение Раифского Богородицкого мужского монастыря, а игумен Всеволод промыслом Божиим стал его строителем. По оценкам экспертов, сохранность некоторых монастырских построек на момент передачи их Церкви составляла всего 16 процентов. Нелегко было находить средства на восстановление почти полностью разрушенной обители. Однако, как говорит Святое Писание, «то, что невозможно для людей, возможно для Бога» (Евангелие от Луки 18:27). Сегодня помимо уже полноценно существующей монашеской обители с большой братией на территории Раифы также организована Музей истории Раифского монастыря, а также организована школа для детей.
Бывая в Раифе, нельзя не обратить внимание на мальчиков разного возраста, одетых в черные подрясники. Это бывшие «трудные» подростки и брошенные дети, которых монашеское братство приняло в свою семью. Детский приют получил свое рождение в августе 1994 года, когда в обители появился первый мальчик с трудной судьбой. Наместник не мог бросить в беде ребенка, которому негде было жить, и с тех пор здесь появились первые дети. Монастырские дети с удовольствием участвуют в общественной жизни, посещают все школьные мероприятия, участвуют в конкурсах и олимпиадах, а кроме освоения общеобразовательной программы школы дома – в обители – для детей проводятся занятия по музыке, изобразительному искусству, гуманитарным наукам, Закону Божьему.