Работы завершились к празднованию 900-летия Крещения Руси, в 1888 году. Богослужения в соборе велись до 1930-х гг., затем храм был закрыт, а 1 сентября 1936 года по распоряжению советской администрации взорван. Воссоздание началось в 1993 году. В 1997 году была отслужена первая Божественная литургия, а в 2008 году собор был освящен.
В настоящее время Никольский собор – это центр Кисловодского благочиния. При нем действуют православная гимназия, воскресная школа, ведутся многочисленные социальные и культурно-просветительские, патриотические программы для людей разного возраста.