В этом храме пел Федор Шаляпин, в 1918 году там был крещен уроженец Кисловодска Александр Солженицын. Закрыли храм в 1930-е гг., снесли главы и разместили в здании общежитие строителей, а затем медицинского училища. Одно время здесь был спортзал.
В 1942 году во время немецкой оккупации храм по разрешению гитлеровских властей был открыт для верующих. Службы в храме велись и после окончания войны вплоть до 1965 года, когда Пантелеимоновскую церковь окончательно закрыли, а здание храма по решению городского совета разобрали до основания. Здесь планировали возвести новый санаторий. Все имущество прихода было перенесено в молитвенный дом на улицу Пешеходную, 26. Однако новый санаторий построен не был. Сначала на месте снесенного храма была оборудована танцплощадка, а затем бройлерная. Постепенно в этом месте просто образовалась свалка.
Возрождение началось в 1994 году, когда на месте бывшего храма был установлен поклонный крест. В 1996 году около креста появилась часовня, с которой началось возрождение богослужебной жизни. Нижний придел большого Пантелеимоновского храма, воссиявшего над Кисловодском как красное солнце, был освящен в 2016 году.
В настоящее время в храме полноценно действующий приход. Здесь важно побывать, чтобы увидеть, что все возможно верующему. Даже тогда, когда ты гоним, притесняем, когда Церковь пытаются разрушить до самого основания. Но сила веры Христовой пробивается, несмотря ни на что.