В 1930-е годы с храма сняли кресты и колокола, помещение приспособили под кинотеатр, а в 1936 году и вовсе разрушили. На его месте теперь разбит сквер с памятником погибшим за установление советской власти в городе. На современной территории Покровского храма располагалось «Водяное общество» приезжавших на Кавказские минеральные воды для лечения. Здание было построено в 1912 году, после здесь возвели здание Новых ванн. Вскоре они закрылись и долгое время бездействовали.
В 1996 году ванны были переданы администрацией города епархии для организации здесь полноценного прихода и совершения богослужений. Храм располагается на втором этаже. 21 сентября 1996 года, в праздник Рождества Пресвятой Богородицы, состоялось освящение главного престола.