Возрождение монастыря началось в 1999 году, когда по благословению митрополита Ставропольского и Владикавказского Гедеона (†2003) был заложен храм святого великомученика и победоносца Георгия, первым настоятелем которого стал протоиерей Вадим Цаликов
(†2012).
В восстановлении святой обители активное участие приняли духовенство, казачество вместе с паломниками и трудниками. В день престольного торжества, 28 августа 2001 года, состоялось освящение воссозданного Успенского Второафонского Бештаугорского мужского монастыря. Его настоятелем был назначен архимандрит Силуан (Хараим; †2011) положивший немалые труды, чтобы благоустроить обитель.
Бештаугорский монастырь вновь стал центром миссионерского служения, образовательной деятельности и воспитательной работы с детьми и молодежью. С 2004 года на территории монастыря проводится ежегодный молодёжный форум «Зелёный Афон», собирающий более 250 ребят со всего Благословенного Кавказа.
После образования в 2011 году Пятигорско-Черкесской епархии правящий архиерей в 2012 году решением Священного Синода назначен священноархимандритом (настоятелем) обители.
Монастырь открыт для посещения паломниками и гостями со вторника по воскресенье с 6:00 до 18:00. Богослужения совершаются ежедневно. Вечером – с 17:00 (9-й час, вечерня, малое повечерие). Утром – с 6:30 (братское правило, утреня, часы, Божественная литургия). По вторникам, по окончании вечернего уставного богослужения, совершается чтение акафиста перед Иверской иконой Божией Матери; по четвергам – святителю Николаю, архиепископу Мир Ликийских, чудотворцу, и великомученику Георгию Победоносцу.
В дни продолжительных постов совершается таинство Елеосвящения (Соборования). Ежедневно полностью прочитывается Псалтирь.