Первоначальное строительство храма завершилось в 1856 году, но в конце XIX века по зданию пошла трещина, и его пришлось разобрать, оставив склепы с захоронениями в подвальной части. Новое строительство началось в 1895 году, а в 1903 году храм освятили во имя святого праведного Лазаря Четверодневного.
Красивейший храм русского зодчества начала ХХ века никогда не закрывался и некоторое время в период немецко-фашистской оккупации считался кафедральным собором. С этим периодом связаны трагичные события в жизни Лазаревского прихода.
С 1938 по 1942 гг. в храме служил священник Василий Геккеле. Фашистская власть определила здесь пребывать своему ставленнику из Ставрополя и агенту гестапо епископу Николаю (Автономову). Он сдал оккупантам отца Василия как способствовавшего советской армии и укрывавшего русских разведчиков. Фашисты расстреляли ревностного священнослужителя и патриота в октябре 1942 года. Лазаревская церковь стоит на склоне горы Машук практически напротив Лермонтовского музея. Неподалеку располагается место первого захоронения русского поэта Михаила Юрьевича Лермонтова.